煤炭企业对环境的污染主要来自于矿井，神东汲取煤炭生产对环境污染的经验教训，全面建设绿色矿井，坚持“源头减少、过程控制、末端利用”理念，针对煤炭生产中产生的废气、废水、废渣，不断创新技术与管理。

废气综合防治：煤矿产生的废气主要是煤尘和烟气，井下采取负压通风降尘、干（湿）式风机除尘、喷雾与水幕降尘等综合降尘措施，给员工配备高质量的防护用品，确保井下环境清洁和人员健康；地面原煤仓、皮带栈桥、产品仓、装车塔等储装运环节采取全封闭防尘，确保了矿区环境清洁；外运煤炭采取固化封尘，车厢喷洒固化剂消除了铁路沿线煤尘污染，年减少风损60万吨；中心矿区集中热电联供，减少工业锅炉数量和烟气排放；偏远矿区的工业锅炉配套安装烟气治理设施和在线监测设备；“气十条”实施以来，淘汰、替换41台工业锅炉，提标改造88台，全部实现达标排放。

废水综合利用：创新三级处理、三类循环、三种利用的废水处理与利用模式，在一个缺水地区建成了超10万人生活、年超千亿元产值的大型煤炭生产基地。“三级处理”是指应用煤炭开采地下水保护关键技术，在采空区建成35座地下水库（库容总量3200万吨，相当于两个杭州西湖的水体量），地面建成38座废水处理厂和3座深度水处理厂进行水质净化处理；“三类循环”是指地下分布式水库、选煤车间、锅炉房构成废水闭路循环系统；“三种利用”是指生产复用、生活杂用、生态灌溉实现水的多种利用。

废渣综合治理：创新井下无岩巷布置技术，从源头减少矸石产量；掘进产生的矸石充填废弃巷道，实现掘矸不升井；地面洗选产生的煤矸石，采取发电、制砖、填沟造田等方式全面资源化利用。