改革现行的生态环境政府管理体制，建立符合市场经济和生态文明治理体系的新型生态环境政府管理体制，必须根据公共管理学理论和生态环境系统管理原理，同时遵循污染物—污染源—污染介质统筹、生态环境系统完整性、污染防治和生态保护统筹、国内与国际环境保护统筹等基本理论和原则。

公共管理学理论认为，政府、企业和公众是生态环境治理体系的三大主体，而政府是生态环境治理体系的主要决策者、监督者和责任者。世界银行在1997年的《世界发展报告》中，归纳了现代政府5项最基本的责任：①建立国家的法制基础；②保持国家宏观经济稳定；③向人民提供社会和基础设施服务；④保护社会中的弱势群体；⑤保护环境和自然资源。因此，作为准公共物品的生态环境保护，政府对其生产、供给、分配和监管都负有责任。当这些公共物品的供给稀缺时，其使用就会产生外部不经济性，对国家利益和公共福利造成损害。市场本身不具备保护环境的能力，反而常常会引发环境破坏。政府必须承担起保护环境和自然资源的责任，即使是利用市场手段保护环境，也需要在政府的监督下实施。

生态环境保护管理体制的设置必须要与生态系统的完整性这一内在本质特征相适应。生态系统是生物及其生存繁衍的自然因素和条件的总和，它由多个要素组成，各要素相互关联、互相影响，形成复杂多样的结构和功能体系，是一个有机整体，具有系统性、区域性等特点。《中华人民共和国环境保护法》规定，“本法所称环境，是指影响人类生存和发展的各种天然的和经过人工改造的自然因素的总体，包括大气、水、海洋、土地、矿藏、森林、草原、野生生物、自然遗迹、人文遗迹、自然保护区、风景名胜区、城市和乡村等”。因此，组成生态系统的各项环境要素，从山顶到海洋，从自然到人工，不能分割，各要素形成的结构与功能关系不能打破。生态环境保护必须遵循生态系统的特点进行综合管理，实现要素综合、职能综合、手段综合，形成从山顶到海洋、从天上到地下的一体化管理，将生态环境保护的要求贯穿于生产、流通、分配、消费的各个环节，体现在经济社会的各个方面。

生态系统是人类赖以生存的基础，具有物质（能量）属性和生态属性。其物质属性体现为作为自然资源被广泛开发利用，其生态属性体现在为人类提供生态服务（包括环境调节、生物多样性等生态产品），即习近平总书记所说的“良好生态环境是最公平的公共产品”。生态系统的两种属性实际上是一体两用，两者相互关联、相互影响。

生态环境保护的目标和任务主要是维护和提升生态系统及其生态服务功能。有两种过程影响生态服务功能：一是社会经济活动产生的环境污染，即污染物的化学作用；二是社会经济活动对生态系统的物理性破坏。当然，也包括其他因素，如物种入侵的生物作用等。因此，生态环保体制的主要职能就是污染防治和生态保护，两者形成有机整体。严格来讲，生态保护主要包括保育和修复，这两者可以是针对不同情况采取的不同措施，亦可为同时使用的措施。因此，保育和修复同属保护生态服务功能的对策体系，不应分离。但我国生态环保体制是在已有资源管理部门体制构架下建立起来的，导致生态保育与修复职能严重分散，人为割裂了生态保护的完整性，造成生态保护与污染防治分离。

同时，在对自然资源开发利用过程中，往往会对生态环境造成破坏。长期以来，自然资源产权不明晰是导致资源过度开发利用、环境污染和破坏，从而造成“公地悲剧”的重要原因。因此，要维持生态服务功能，必须首先明确自然资源的产权，并加强对开发利用活动的监管，从自然资源开发利用的全过程进行审视，建立互相制约又相互协调的体制：一是按照自然资源所有者与管理者分开原则，建立自然资源资产管理体制和自然资源监管体制；二是按照自然资源开发利用与保护分开原则，将自然资源开发利用过程中的环境保护纳入生态环保体制，同时，将监管自然资源开发利用的环境保护制度，如空间规划、生态保护红线、国家公园等作为源头严防的职能一并纳入，建立自然资源监管和生态环境保护管理相统一的体制。

十八届三中全会提出要“建立和完善严格监管所有污染物排放的环境保护管理制度”。监管所有污染物排放，实际是监管所有污染源通过所有环境介质排放的所有污染物。这就是明确提出了维护污染物—污染源—环境介质之间统一性的要求。污染物是指由于人类的活动进入环境，环境正常组成和性质发生改变，直接或者间接有害于生物和人类的物质或能量，如二氧化硫、氮氧化物、氨氮、生化需氧量、持久性有机污染物、光污染、辐射污染等。之所以有污染物，是因为有污染源，污染源是指向环境排放或释放有害物质或对环境产生有害影响的场所、设备和装置，包括点源（矿山等）、面源（农业等）、固定源（工厂等）、移动源（车、船、飞机等）。污染物之所以能对环境造成危害，是因为污染源将污染物排放到了环境介质中。环境介质是指传播污染的载体，包括水体、大气、土壤等。因此污染物、污染源、环境介质三者不可分割，污染物必由污染源产生，通过环境介质传播和承载。保护生态环境必须要将三者统筹考虑。

防治污染和保护生态是维护生态服务功能的两个方面，无论从生态环境的完整性还是系统性，无论从自然属性还是实践属性看，二者都有着必然的内在联系。环境污染与生态破坏相互影响、密不可分，环境污染会损害生态系统的功能，生态破坏则会加剧环境污染的程度。污染防治与生态保护又相互促进，具有很强的互补性，强化污染防治可以减少污染物排放，减轻生态环境压力；强化生态保护则可以提高环境自净能力，扩大环境容量和提升生态环境承载力。从污染防治和生态保护的手段来看，彻底的、系统的污染防治必须是生态健康型的，而且很大一部分手段就是生态保护和修复措施。做好生态环境保护工作，必须将生态保护与污染防治有机结合、统筹考虑，两者双管齐下对环境保护起到倍增效果，分而治之则事倍功半。

目前人类正面临着有史以来最严峻的环境危机，并将对未来的人类生存与发展产生深远影响。在某些环境的解决上，也越来越多地牵涉到国家利益的争夺，尤其是发达国家与发展中国家之间的利益纷争。全球性环境问题使国家之间的相互依存日益加深。这种相互依存，一方面演变成各国利益的互补与联系，促成了国家合作；另一方面也引发了国与国之间的对抗与冲突。为此，国际社会先后在气候变化、生物多样性、臭氧层保护、荒漠化、国际水域等领域制定了一系列的环境公约。作为一个政治和经济大国，中国已经积极地参与到各个公约的起草、谈判和履行之中，并在其中发挥着重要的作用。到目前为止，中国已经同近三十个国家签署了双边环境保护合作协议或备忘录，加入了包括《气候变化框架公约》、《生物多样性公约》、《保护臭氧层的维也纳公约》和《蒙特利尔议定书》、《联合国防止荒漠化公约》、《危险废物跨境转移的巴塞尔公约》等近三十个国际环境公约。

目前，中国对于国际环境公约的履约管理以及相应环境问题的管理工作已经具备了一定的法律和政策基础，也积累了一定的经验。但是由于中国的履约管理按照各部门的管理职能由各部门分工负责，部门之间存在着众多难以在短时间内调和的利益纷争，也存在着一定的职能冲突和矛盾，因此，各部门在全球环境问题管理中如何相互协调是一个十分现实的问题。这种协调工作虽然原则上应该由环境保护部来进行，但是由于环境保护部在国家各部委现有的地位因素，以及其协调上职能设置的不完善和相应管理能力的欠缺，相对国内环境保护问题协调，环境保护部在国际环境保护部门协调上能够发挥的作用也十分有限，使其成为我国“四大尴尬部门”之一。