习近平总书记在《关于<中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定>的说明》中提出，“山水林田湖是一个生命共同体，人的命脉在田，田的命脉在水，水的命脉在山，山的命脉在土，土的命脉在树。用途管制和生态修复必须遵循自然规律，如果种树的只管种树、治水的只管治水、护田的单纯护田，很容易顾此失彼，最终造成生态的系统性破坏。对山水林田湖进行统一保护、统一修复是十分必要的”。这一重要论断阐明了生态系统整体性这一本质特征。这就要求我们在深化生态环保管理体制改革时，按照生态系统整体性理论，科学整合分散于不同部门的管理职能，实现相关环境要素的统一管理，生态保护和污染防治职能的统筹管理，污染源、污染物和环境介质的整体管理，“一件事情由一个部门负责”。

一是管理职能优化整合。目前，环保职能分散交叉比较严重，“碎片化”现象突出，政出多门，效能低下。根据生态系统整体性理论，生态系统各组成要素相互依存、相互制约，是一个完整的生命共同体，不可分割。这就要求生态环保管理体制改革必须符合科学规律，优化整合生态系统各要素的管理职能，实现山水林田湖的统筹管理。

二是生态保护和污染防治的统筹管理。《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》提出，“建立陆海统筹的生态系统保护修复和污染防治区域联动机制”。生态系统的保护修复和污染防治工作息息相关，互相影响。污染防治是生态保护的前提，生态保护是污染防治的目的。生态环保管理体制改革就是要将生态保护和污染防治职能整合，统筹管理防治、修复与保护，全面管控。

三是污染源、污染物和环境介质的整体管理。《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》提出，“建立和完善严格监管所有污染物排放的环境保护管理制度”。要严格监管所有污染物排放，不仅要对污染物进行全面监管，还要对污染全过程严管，“从出生到坟墓”。污染源通过环境介质形成污染物，不管住污染源，不管住环境介质，是管不住污染物的。生态环保管理体制改革就是要建立和完善严格监管所有污染源、污染物和环境介质的环境保护管理制度，整体、全过程监管。