怎么打破部门间利益藩篱？
对生态保护红线统筹规划、分类管理，并不断调整完善界定和管理办法
目前，我国生态环境的管理仍是按照环境要素进行划分的，生态环境的保护涉及环保、国土、水利、农业、林业、海洋等生态系统管理部门、经济社会发展部门等多个部门。这种分部门、分区域的管理模式使得生态红线缺乏统一的管护标准和制度，也增加了生态红线制度实施的难度。
划定生态红线，必须有配套的制度体系，建立完善的约束和激励机制，充分发挥地方生态保护的积极性，生态保护红线才能真正“落地”。
正如欧阳志云所言：“生态红线不能盲目划定，应该考虑多部门联合。由于缺乏系统的生态保护红线界定方法，需要对生态保护红线统筹规划、分类管理，并不断调整和完善界定和管理办法。”
与国土规划、土地利用规划、城乡规划等规划进行有效衔接也是生态保护红线能否“落地”的关键因素之一。
欧阳志云认为，应该在国土规划、土地利用规划、城乡规划等空间规划中，明确划定生态保护红线，从规划层面强化生态保护红线划定的重要地位，从土地利用规划角度保障和强化生态保护红线区域内的生态保护。
他建议，应该在现有的土地利用规划体系中，增设生态用地类型，形成包括农业用地、建设用地、生态用地与未利用地4个类型的新土地利用规划分类体系，并将生态用地作为确定生态保护红线的依据和协调不同部门生态保护红线用地的基础。
同时，在协调海洋各类战略性规划的基础上，通过海洋生态功能区划和海洋其他空间规划，来确定海洋生态保护红线。
目前，自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园、世界文化自然遗产、重要湿地及饮用水水源保护区是生态红线划定的基础。对于上述敏感区域，国家已出台相关的管理规定，但划分上述区域时，并没有考虑到范围内的矿产资源分布及国道、省道公路建设情况。
随着我国
交通工程的发展，在对现有国道、省道等公路进行升级改造时，常常出现部分路段位于上述敏感区域内，甚至位于核心区的情况，而按照国家相关规定，自然保护区核心区内禁止从事与保护无关的建设活动，这与相关敏感区的划分存在矛盾，需要对保护区进行调整。
针对此类情况，专家在讨论中认为，在进行生态红线划定时，应与交通、国土、林业、水利等部门综合协调，在拟定红线范围内的公路桩界两旁预留缓冲区域内，可以进行公路扩建工程建设。
同样，在划定生态保护红线之前，应与国土部门、水利部门协调，全面了解划定范围内矿产资源分布及总体规划、水利资源开发利用规划等情况。对于拟定生态红线范围内的矿产资源和水利资源开发活动必须加以限制。
