“经济理论表明，拍卖优于任何一种免费分配，因为它没有过度分配的风险，毕竟没有企业会购买超出其需求的排放配额。拍卖还为投资减排措施创造了强有力的动机，如果投资比竞拍更便宜的话。最后，拍卖防止暴利并实现创收，这些收入可以用于减缓或适应气候变化。”Pleterski说道。

她指出，尽管从现实出发，ETS必须要从政府分配开始，但这种分配方式仅适用于过渡时期，一旦条件允许就被拍卖取代。

从2013年起，欧盟要求ETS成员国的电厂必须通过竞拍获得配额，除了在2004年后加入欧盟的8个国家——保加利亚、塞浦路斯、捷克、爱沙尼亚、匈牙利、立陶宛、波兰和罗马尼亚。这8个国家可以在2019年前继续给本国的电厂发放有限的免费配额，条件是为本国能源升级投入相当于免费配额价值的资金。

为了保持欧盟经济的整体活力，欧盟规定，其他行业可以在第三交易期内实现有偿竞拍和无偿分配并行的方式。在制造行业，80%的碳配额在2013年由政府免费发给企业，但这一比例将逐年递减到2020年的30%。在航空业，政府发放的免费配额占82%，企业竞拍的配额占15%，其余3%的配额用于快速增长的航线和新进入的航空公司。

对此，Pleterski 的解释是，“为了获得排放交易的益处，ETS下的不同行业应该适用于不同水平的减排成本。”

考虑到各成员国在经济发展水平、产业结构、体制制度等方面存在巨大差异，欧盟把88%的竞拍配额按照2005年实际排放量分配给各成员国；把10%的配额分给最不发达的成员国，帮助它们进行产业升级；把另外2%的配额发给9个欧盟国家（保加利亚、捷克、爱沙尼亚、匈牙利、拉脱维亚、立陶宛、波兰、罗马尼亚和斯罗维尼亚），奖励它们在2005年之前完成了比1990年减排20%的目标。

按照欧盟的法律规定，至少一半的碳排放权交易收入（在航空业，则要求全部的收入）必须被用于采取应对气候变化的行动。成员国有义务向欧盟委员会汇报这些收入的使用情况。比如，德国把碳交易收入中的很大一部分资金用于帮助发展中国家和新兴经济体进行气候变化的项目。