（1）建立全国统一的核算、报告和核查体系，深化改革逐步解决直接和间接排放并存的问题。碳排放权在法律意义上存在排他性，不同标准、重复计算或重复分配可能带来配额不同质的根本问题，也造成未来国际市场联接时的困难，虽然目前国内市场由于电力和热力价格形成和传导机制不畅等原因将间接排放纳入了计算范围，但这个问题与其他保障公平可比的机制一样，都需要在统一碳市场运行中不断去改善。一是对于直接排放和间接排放采取分别核算、分别报告、分别核查、分别交易的办法，逐步从现实妥协的“努力可比”过渡到依法均质的“产权可比”的分配机制。重点排放单位分别核算和报告温室气体直接和间接排放量，主管部门据此分别分配直接配额和间接配额，碳市场运行初期直接配额和间接配额允许同等或比价交易，但在注册登记系统中设置两个不同的产品标签。随着能源价格体制改革特别是电价改革的进展，国家配额交易应从直接和间接排放并用逐步过渡到单一直接排放的市场体系。二是统一重点排放单位报告入口，完成企业直报系统与注册登记系统的联接，实现排放、配额和交易信息系统的一体化。所有参与全国碳排放权交易的重点排放单位统一直接向国家温室气体排放直报系统填报温室气体排放信息，并与注册登记系统完成联接，地方交易试点原来的报告窗口在全国交易启动前逐步转并至国家直报系统，区域级市场和普惠制市场逐步实现与全国直报及注册登记系统的对接，从系统和机制上形成国家排放、配额和交易统一管理的体系。

（2）平衡地方的差异性和行业的可比性，实施正向激励的公平配额分配方案。地方的差异性和行业的可比性应该有所平衡，但这两者在制度设计中不可避免存在优先次序和权衡考量，应至少避免出现加剧区域间发展不平的情况，以及战略性新兴产业变相“补贴”高排放产业的“逆向选择”。一是结合国家区域、行业发展战略和重点任务，配额分配要考虑发展大局与减排政策的协同。配额分配除考虑发展阶段、责任能力等因素外，还要体现主体功能区、京津冀协同发展、长江经济带等区域发展战略以及“三去一降一补”等行业重点任务，其中地方的差异性应该给予更为重要的关注，而行业的可比性可以通过“特殊事项”来得以解决，比如电力、钢铁、建材、化工等高排放且行业集中度较高、以全国性集团公司为主的行业可以实行可比的控排系数，而其他较为分散的、具有地方特色的产业则可以考虑采用差异化的指标来管理。二是在新增配额的使用上，实行先进技术优先、落后地区优先的双重管理。鼓励更为先进的技术部署，在重要技术代际标准上应逐渐从当前的“祖父法”为主过渡到“基准法”或“先进值法”，避免在经济下行区间传统高排放且产能过剩的行业配额富余反而成为获利的卖方，出现“劣币驱逐良币”的情况，同一区域内先进技术扩大产能、同等技术排放标准下落后地区投入新兴产业应优先获得新增配额。