全国碳交易体系设计要平衡经济增长和节能减排、市场总供给和总需求、地区之间的差异、行业之间的差异。

第一，平衡经济增长和节能减排之间的关系。由于我国是发展中国家，经济增长正处于工业化的关键阶段，保证经济的适度高增长仍是今后一段时期的核心工作，但节能减排对我国也是刻不容缓，必须以更有力有效的政策手段来加强节能减排和向低碳经济转型，因此，配额总量应遵循“总量刚性、结构柔性”和“存量从紧、增量从优”的原则。

第二，平衡市场的总供给和总需求。在总量设定和配额分配上既要避免欧盟碳市场第一阶段的配额分配过量导致供过于求而使价格一度跌为零；也要避免配额过少，市场需求过大，导致企业履约成本过高。供求失衡会导致价格信号失真，无法通过价格信号引导企业有效配置减排资源，并最终可能导致碳市场失灵。市场的总供给主要由配额总量、配额分配方法、配额的跨期储存和借贷以及抵消机制中ccer的比例和限制条件等决定；市场的总需求则主要由控排企业履约的刚性需求和市场投资者的投资需求所决定。因此，政策设计中需要科学处理影响供给和需求的上述关键要素。

第三，平衡地区之间的差异。我国地区差异显著，必须通过地区调整系数在各地区总量设定和减排任务分配方面加以调整，并通过抵消机制引导清洁项目在欠发达地区的投资力度。通过把碳交易市场和生态补偿及扶贫开发相结合，既能促进资源丰富但经济欠发达地区的绿色低碳发展，又能推动这些地区的精准扶贫。

第四，平衡行业之间的差异。我国行业之间的市场波动、产量波动和碳排放波动情况差异较大，因此不能用一刀切的办法统一成一个行业减排系数，需要根据行业的减排潜力、减排成本、国际竞争力、生产和排放趋势等制定不同行业的减排系数。