欧盟排放交易体系的开放性主要体现在它与《京都议定书》和其他排放交易体系的衔接上。欧盟排放交易体系允许被纳入排放交易体系的企业在一定限度内使用欧盟外的减排信用，但是，它们只能是《京都议定书》规定的通过清洁发展机制(Clean Development Mechanism，CDM )或联合执行 (Joint Implementation，JI) 获得的减排信用，即核证减排量或减排单位。在欧盟排放交易体系实施的第一阶段，核证减排量和减排单位的使用比例由各成员国自行规定， 在第二阶段，该使用比例不得超过欧盟排放总量的6%，如果超过6%，欧盟委员会将自动审查该成员国的计划。 

此外，通过双边协议，欧盟排放交易体系也可以与其他国家的排放交易体系实现兼容。例如，挪威二氧化碳总量交易体系与欧盟排放交易体系已于2008年1月1日实现成功对接。