虽然欧盟排放体系取得了很大成效，但其仍然存在一些缺陷和不足。

   （一）配额过剩

欧盟碳排放交易体系建立之初，是由各成员国自行设定排放量配额上限。过高的上限使得EU ETS在2007年底第一阶段结束之际，实际二氧化碳排放量比设定配额还要低7%。2008年经济危机以来，欧盟制造业一蹶不振，二氧化碳排放量急剧下降，碳排放配额过剩更加严重。直到2014年，整个EU ETS中仍有约13亿碳排放许可过剩。 

　　过剩的供应压低了污染者的排放成本，导致配额价格持续下跌。EU ETS设计初期，每吨碳排放许可交易价格在25到30欧元之间，在2007年中期曾达到过35欧元。随后由于配额过剩，碳排放交易价格直线下滑，最低时一度触及2.5欧元，直至2014年，碳排放交易价格基本在4.3欧元到5欧元之间。极低的配额价格使生产者以微小代价即可获得大量排放许可，反而不利于减排技术的进步。