分配的目标是保证碳排放权初始分配的公平性。理论上，配额分配应坚持以下基本原则：

（1）必须保持对减排的激励，包括对早期行动的激励；

（2）不能对寻租活动或其他削弱体系的活动提供持续激励；

（3）对于企业和政府来说成本最小化，促进市场效率；

（4）因地制宜，结合当地的能源结构与排放特征设计合理的配额分配方式。

分配方式。不同的配额分配方法，会产生不同的经济影响和政策效果。免费分配，容易获得企业支持，政治上具可行性，但有悖于公平性。欧盟初始分配都采用无偿的方式，欧盟排放权交易机制指令规定：在第一阶段，至少 95%的配额要无偿发放；第二阶段，至少90%的配额要无偿发放。对企业而言，碳排放权的无偿分配实质上是一种变相补贴，政府的权力资源易产生权力寻租。其次，无偿分配导致新建企业和已建企业之间不公平竞争，因为无偿分配是在已有企业之间进行分配，而新建企业必须有偿取得。再次，免费分配不符合污染者付费原则，企业无需为取得碳排放权利支付任何费用，使得这种资源的价值难以体现。

拍卖方式的优势。通过拍卖可为政府取得财政收入，使碳排放权的真实价值得以显现；激励企业进行技术创新，努力提高技术水平；更能体现公平公正原则。拍卖方式的弊端是它可能产生不正当竞争、存在市场操纵等，所以需要政府部门的严格监督。目前，美国的RGGI对配额实行全额拍卖。

分配程序。如果要保证配额分配的公正、公平和分配效率，首先在分配程序上应该做到公正、透明,向社会公示分配的原则、制度和分配标准。听取各部门、各行业重点单位的意见，对于重要的问题应组织专业人士、专家学者加以论证，对于有争议的问题还应该面向社会召开听证会。程序公正可以减少政府决策盲目性和独断性，还可以对政府行为实行有效的监督。其次，要加强信息透明度，加强对分配过程的监管。

分配标准。目前，试点省市在分配原则、分配方式上大致相同，大都侧重历史法，基本没有配额拍卖，只有深圳提出对电力和供水企业采用基准法，而工业领域的配额分配仍以历史排放为主。

配额分配的计算标准。应考虑历史排放量、行业及企业减排潜力，早期减排行动、未来减排承诺、分配的基准年、履约期问题，以及配额的储存、借贷等问题。

我国进行碳排放总量控制，进行配额分配时需要注意以下问题：第一，配额免费分配会引发过度分配(over-allocation)问题；第二，需要对市场机制进行完善，以解决碳价格的大幅波动问题。政府监管机制不完善，导致碳价格在机制运营的初期出现了暴涨或暴跌，给碳交易市场的平衡发展造成了不良影响。

结合国外配额分配的经验与教训，我国碳排放权的分配应当采取拍卖为主，无偿分配和有偿分配相结合的分配模式，在拍卖中应始终坚持公平公正原则，将碳排放权初始分配置于一个透明的环境，接受社会监督。