根据减排目标设定具体承诺期的配额总量上限，大部分国家或区域会在每个承诺期开始前确定每年的配额总量上限。比较特殊的是澳大利亚和日本东京都。澳大利亚将于2014年5月设置可变价格时期第一个五年的配额上限，之后每年都会设定下一个五年的配额上限(即每年都设置第五年的配额上限)，主要目的是为了配额上限可以加强澳大利亚中期和长期的目标，并考虑一系列经济、环境和其他因素。日本东京都是在每个承诺期前确定五年的配额总量上限，第一承诺期的温室气体排放量比2000年下降6%，第二承诺期下降17%左右。但容易出现的问题是配额上限设置不合理。例如ＲGGI原先设定在第一承诺期(2009－2011年)每年配额上限为1.88亿短吨CO2e(约为1.71亿吨)，第二承诺期(2012－2014年)每年上限设定在1.65亿短吨CO2e(约为1.50亿吨)，第三承诺期(2015－2018年)排放上限每年下降2．5%(即总共下降10%)。而经过三年的实践后，发现相对于实际排放水平而言，配额明显供给过度，RGGI决定下调配额总量上限，2014年的配额上限为0.91亿短吨CO2e(约0.83亿吨)，2015－2020年每年下降2.5%。

关于配额如何分配的主要争论焦点在于配额是应该免费发放还是拍卖。在实践中，这两种分配方式各有利弊:免费发放配额不会给受政策影响的企业带来额外的成本，可视为政府对有责任履约企业的补偿，因而更容易被广泛接受;但对政府来说，由于要通过一定的标准将配额分配到不同企业，执行成本较高。而拍卖配额可以使政府获得额外的收入用以减少其他税收的扭曲(即“双重红利”假说)，或是将其投入到提高能源效率、补贴清洁能源等领域中;但该分配方式可能对一些企业的利润产生较大的负面影响，并可能降低其市场竞争力。

因此，各国在选择配额的分配方式时，主要考虑不同产业的特征。一般来说，大部分电力市场具有垄断性，市场竞争较小，也就是说电力生产者较容易把额外的成本传递给消费者。例如，RGGI的强制范围为化石燃料的发电站，大约有90%的配额是进行拍卖的。然而，对于那些高排放、能源密集型的外向型产业，它们难以将额外成本传递给消费者，大多是采用免费配额的方式。例如，新西兰的碳排放交易体系规定，2010年高排放强度的行业可获得90%的免费配额，中等排放强度为60%，2012年以后每年下降1.3%;2015年农业可获得90%的免费配额，从2016年开始每年下降1.3%。澳大利亚对电力生产者提供免费配额，在五年间相当于获得55亿澳元的资助;对排放密集的外向型企业提供94．5%和60%两种比例的免费配额，到2015年相当于获得86亿澳元的资助。韩国在第一、二承诺期对能源密集型外向部门是100%免费分配的。