EU ETS共分为三个交易阶段。第一阶段交易（2005～2007年）作为实验性的阶段，对各成员国及被法令包括在内的设施运营者来说，是“边干边学”的时期。第一阶段的排放配额为22.98亿吨，95%以上的配额为免费分配。为保证减排义务的履行，欧盟规定：实际排放量低于分配配额的企业可进入市场出售多余指标；而实际排放量高于配额的企业，则需要从市场上购买其他企业出售的排放权，如不购买排放权将被处以每吨40美元的罚款。第一阶段没有用完的配额企业不得存储——即把本年度的配额存放到下一年度延期使用，也不允许提前借支——即把下一年度的配额提前到本年使用。在第一阶段，企业的履约率很高，欧盟整体温室气体排放量有所下降。除丹麦、葡萄牙、爱尔兰、西班牙和奥地利外，其他国家都基本完成目标。第二阶段交易（2008～2012年）在配额分配方式基础上，以拍卖方式成交的配额比例提高到10%，行业则扩大到航空部门，对未完成减排目标的处罚，提高到每吨二氧化碳100美元。第二阶段的减排配额则可以顺利带到第三阶段，从而增强了投资者的市场信心。第三阶段交易（2013～2020年）扩大了减排的覆盖范围，除发电、玻璃、炼油、炼焦、钢铁、水泥、石灰、制砖、陶瓷、纸浆和造纸10个行业外，还将包括石油化工、航空与航运、制氨氮氧化物排放和制铝中的全氟化碳排放。农业与垃圾处理行业的温室气体减排，实现到2020年比2005年减少10%的目标。第三阶段的交易将在欧盟层面而非成员国层面上分配。企业原先可以免费获得的配额，从2013年起逐步由拍卖来获得，并于2020年实现完全通过拍卖分配减排配额的方式。此外，总配额的5%将被储备起来，分配给新加入者（电力部门除外，该部门配额全部实行拍卖），但在2020年仍没有分配给新加入者的配额储备将被拍卖。新规定建立了严格的监测、报告和核证程序，以确保EU ETS的完整性。但对于某些缺乏竞争力的高耗能部门，则给予一定的豁免。