从2007年到2009年，欧盟层面对可再生能源投资超过了100亿欧元。欧盟可再生能源政策引起的争议主要是成本过高。以太阳能光伏发电为例，欧盟各成员国在以极高的价格补贴光伏产业以后，都不得不缩减预算。最初，西班牙太阳能电厂可按上网电价每兆瓦时 440 欧元销售， 2008 年金融危机发生后，新项目的电价降低至每兆瓦时259 欧元。由于西班牙与上网电价的“正常系统”有所不同，西班牙上网电价系统由公共事业承担，结果导致上网电价赤字从2000 年起已累计超过160 亿欧元。2010 年，西班牙政府又削减了现有太阳能项目的补助，旨在节省数十亿欧元的欠款。2011 年11 月捷克政府批准为2012 年的光伏补贴设定约6.41 亿元人民币的上限，以避免电力价格上涨。

对比利用太阳能光伏发电减少电力行业碳排放的方式，2008年以来碳市场内的减排方式成本更低。EUA的价格最高大致30欧元/tCO2，而用太阳能发电的方式获得同样的减排量则需要政府补贴200～400欧元/tCO2（按照欧盟的电网排放因子和电价补贴计算）。专项补贴的问题是在于削弱了光伏产业快速降低成本的动力，导致大规模发展此类过高成本项目。

由于EU ETS只覆盖主要排放源，并不能直接为新建太阳能光伏并网项目提供减排收益，因此此类项目主要依靠专项补贴政策发展。如果能够利用基于项目的减排抵消机制（baseline-Project offset）作为EU ETS的柔性机制与欧洲碳市场对接，可以减少专项财政补贴的压力，同时利用碳交易制度的“双重红利”，促进光伏产业降低成本的同时，获得由碳市场定价的补贴。

此外，碳交易体系中拍卖配额所获得的收益也可以用来支持可再生能源产业发展。将配额拍卖收益纳入低碳产业发展支持性基金是一种通行的做法。在EU ETS第二阶段，通过小部分拍卖配额获得资金也用于可再生能源扶持。欧盟已计划在欧盟排放交易体系拍卖3亿吨碳排放许可配额，总价值约45亿欧元，拍卖所得资金将成立NER300基金（新加入者配额保留基金）。该基金主要用于支持欧盟低碳和可再生能源创新项目。