在自然保护区管理方面，我国也做出了积极的探索，取得了显著成效。

一是建立了适合我国国情的自然保护区管理体制。我国自然保护区管理实行环保部门综合管理、林业、农业、国土、海洋等有关部门分工负责，行业指导和属地管理相结合的体制。环保部门负责制定自然保护区发展规划、政策、法规和标准，对各级各类自然保护区进行监督；林业部门负责林业系统自然保护区的监督管理，具体指导森林、湿地、荒漠和陆生野生动物类型自然保护区的建设和管理；国土资源部门监督管理古生物化石、地质遗产自然保护区；农业部门监督管理草原、水生生物类型自然保护区；海洋部门监督管理海洋和海岸类型自然保护区。

二是形成了比较完善的自然保护区分级管理机制。自然保护区分为地方级（县、市、省级）和国家级，实行自下而上的方式建立，各级自然保护区由同级人民政府批准设立。为提高国家级自然保护区设立和调整的科学性，环境保护部根据国务院授权组建跨部门、跨学科的国家级自然保护区评审委员会，制定了委员会组织和工作制度、评审标准等，对申请新建国家级的自然保护区进行审查，提出审批建议，报请国务院审批。认真落实国务院印发的《国家级自然保护区调整管理规定》，严格国家级自然保护区调整，否决了一批自然保护区调整申请。目前，各省、自治区、直辖市均已参照国家级自然保护区评审委员会的组成模式，建立了省级自然保护区评审委员会，规范各级自然保护区建设和管理工作。

三是初步建立起自然保护区法规政策体系。1994年，国务院颁布实施《中华人民共和国自然保护区条例》，确立了我国自然保护区的法律地位。国务院办公厅分别于1998年和2010年做出关于加强自然保护区工作的通知，印发了《国家级自然保护区调整管理规定》等，推动自然保护区发展。环保部门制定了《国家级自然保护区监督检查办法》、《自然保护区类型与级别划分原则》、《自然保护区生态环境监察指南》等部门规章和标准，强化综合监管。林业部门制定了《森林和野生动物类型自然保护区管理办法》，农业部门制定了《水生动植物自然保护区管理办法》，海洋部门制定了《海洋自然保护区管理办法》，国土部门制定了《自然保护区土地管理办法》和《关于建立地质自然保护区的规定》等相关规章制度。黑龙江、内蒙古、浙江等24个省（区）制定了自然保护区管理法规，200多个自然保护区制定了管理条例或管理办法。1997年经国务院同意，原国家环保局和国家计委联合印发《中国自然保护区发展规划纲要（1996~2010年）》，2010年国务院审议通过《中国生物多样性保护战略与行动计划（2011~2030年）》，为我国自然保护区发展起到了重要推动作用。

四是强化自然保护区监督管理。为加强自然保护区监督管理，环保部门制定了《国家级自然保护区监督检查办法》，自2008年以来，利用卫星遥感技术，建立了“天地一体化”的自然保护区监控体系，对所有国家级自然保护区开展了人类活动遥感监测和实地核查，基本摸清了国家级自然保护区人类活动的分布状况，查处了一批违法违规案件。2015年，环境保护部联合发改、财政、国土、住建、水利、农业、林业、中科院和海洋9个部门印发了《关于进一步加强涉及自然保护区开发建设活动监督管理的通知》，并联合开展了全国自然保护区开发建设活动专项检查。林业局印发了《关于征用、占用自然保护区林地采伐林木有关问题的通知》，农业部制定了《建设项目对国家级水生生物自然保护区影响专题评价规范》，海洋局印发了《关于进一步加强自然保护区海域使用管理工作的意见》和《关于进一步规范海洋自然保护区内开发活动管理的若干意见》，国土资源部印发了《关于认真做好国家级自然保护区划界立标和土地确权等工作的通知》等。环境保护部联合国土资源部、水利部、农业部、林业局、中科院和海洋局，建立了国家级自然保护区管理评估机制，对400多处国家级自然保护区开展了管理评估，促进了管理水平的提高。

五是加强自然保护区管理基础工作。2010年，在财政部的支持下，环境保护部实施了第一次全国自然保护区调查与评价项目，目前已完成31个省份2000多个自然保护区的调查工作，建立了基础调查数据库和地理信息系统，基本掌握了全国各级自然保护区建设管理现状；组织开展了中国生物物种资源调查和编目，与中科院联合发布了《中国生物多样性红色名录—高等植物卷》和《中国生物多样性红色名录—脊椎动物卷》。林业局组织开展了第二次全国野生动植物资源调查和第四次大熊猫调查，农业部开展了长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区资源与环境综合调查等工作。这些工作为制定自然保护区发展规划和制定政策措施提供了依据。