碳抵消是指经济主体通过购买碳信用额度的方法来抵消它所产生的温室气体。在不同的碳市场中，碳抵消信用标准并不一致。比如，一些美国国内的碳市场(如加利福尼亚州的碳市场)允许参与者使用来自国内的农业、森林业的碳信用，以及来自于发展中国家的减少森林砍伐和退化造成的温室气体排放计划(REDD)中的碳信用，但是他们并不承认来自于CDM的碳信用。与之相反，欧盟碳市场只接受来自于CDM的碳信用，而并不承认森林碳信用。显然，对接碳市场在碳抵消信用标准上存在的差异将成为碳市场对接的直接障碍。

值得强调的问题是，如果对接碳市场中仅一方接受了某些碳信用，他们利用这些碳信用满足国内的履约要求后，将国内的碳配额销售给未接受这些碳信用的碳市场，这将影响对接体系中碳配额的总体供给水平，继而对碳配额的价格产生影响。这一问题将困扰对接碳市场中的决策者。此外，在两个对接碳市场中，其中一方对碳抵消信用进行了折扣，而另一个碳市场没有对这些碳抵消信用进行折扣，这将导致对接碳市场间的套利行为，并由此阻碍市场对接。