目前，无论是学术界还是管理部门对环境管理主管的职能定位始终没有形成共识。主要表现为对综合决策、综合管理/统筹协调、统一监督执法、执行层面的行政管理这些职能如何配置上。

1、主要定位于监督执法部门

曲格平从政府管理角度，提出“环境管理是指各级人民政府的环境管理部门按照国际颁布的政策法规、规划和标准要求而从事的督促监察活动”。

胥树凡（2009）认为对环境管理部门的职能定位不准确是造成环境管理体制不顺的主要原因。主要表现为三个方面：一是把具体做环境保护的职能与环境保护监督执法的职能混淆起来，而没有把环保部门定位为监督执法部门，而是当作综合管理部门，存在职能定位错位；二是环保部门职能定位没有体现不同层级的差异性；三是职能定位层次不高，侧重于做具体事务，针对企业的直接管理。为此，他建议进步改革环境管理的思路是：监管分离，强化监督，突出执法，明确责权，垂直管理。

杜群（1993）认为，环境管理体制与我国行政管理体制一样，长期存在机构职责不明确，部门之间职责交叉，关系不顺问题。环保法赋予了环保专门机构统一监督管理的职能，但由于法律并未就这一原则的内涵和外延作进一步的规定，也就没有从实质上理清统一监督管理部门与分工负责部门的职权界限，横向主次关系模糊。在实际工作中，这一原则的操作性十分柔弱。进一步改革需要加强监管的统一性。

2、多种职能定位

1980年，时任国务院环境保护领导小组办公室副主任的曲格平提出，环境管理的基本职能主要有三项：第一，编制环境保护规划；第二，组织环境保护工作的协调；第三，进行环境保护工作的监督。

马中和吴健（2004）提出，为了深化市场经济改革和实施可持续发展战略，新的环境管理体制应当能够更充分地代表国家和人民的利益，也更具有更高的权威和更强的能力，应该具备这样一些基本特征。1）新的体制是高度统一的，在统一决策的基础上，由代表国家利益又没有部门色彩的政府主管机构统一监督其他政府部门和地方政府执行环境保护法律法规。由于环境问题的整体性和事关国计民生，污染和生态分而治之的局面应当改变。2）新的体制应是分工合作的，环境保护的国家性、全民性、长期性和跨部门性，决定了环境保护管理工作必须有多部门参与，各司其职，分工执行。3）新的体制应真正落实综合决策，过去的经验和教训已经无数次地证明：环境与发展综合决策是最有效率也是效果最好地保护环境、解决环境问题的途径，主要有两种形式：①通过参与决策过程，包括主持拟订或制定环境保护的法律、法规、规章、规划和标准；参与拟订和制定有重大环境影响的法律、法规、政策和规划，对与环境保护有关的法律、法规和政策草案提出建议和意见；②通过监督机制，对发展战略、社会经济政策、发展规划和建设项目实施环境影响评价；监督部门、地方的环境保护工作；对生态状况、环境质量和污染物排放实施监测。4）新体制应具备跨部门协调的功能，在有关环境保护的事务超越有关政府部门职能范围时，在国务院的层次上协调和解决部门间、地区间、短期利益与长期目标之间、不同政策之间关于环境与发展的关系和问题。为此，建议中国政府恢复设立国务院环境保护协调机构。

一些学者从历年的《环保部机关"三定"实施方案》和当前的实际职能分析，发现国家授权时，环保部门的职能已从"统一监督管理"转向"综合协调"（王曦，邓旸，2011；高晓露，2012）。亚行（ADB，2012）报告分析发现，中国环保部的12项职能中，其中4项涉及环保机构的建立、环境研究和技术开发，开展国际环境合作、开展环境宣传和教育，其余8项均与监督、监测和监察和管理环保活动有关。同时提出，中期的改革目标是统筹整合相关部委的生态保护职能，由国家环境保护部统筹协调和监督管理国家环境事务和生态保护工作。

任景明（2013）认为，环境保护职能与现代政府的四大职能（经济调节、市场监管、社会管理、公共服务）均有涉及。1998年国家环保总局成立时的三定方案12项职能可以概括为行政立法、执法和监督三大类。并建议将环保部的职能专注于首位两端：定规则和看结果。如果环保部门热衷于具体治污职能，将存在“运动员”与“裁判员”合二为一，弱化监管力度的问题。

3、关于加强综合决策、综合管理/统筹协调职能

环境问题产生的主要原因是"市场失灵"和"政府失灵"。“政府失灵”的主要表现是环境管理体制存在弊端，如管理机构设置不尽科学、缺乏综合协调机制、管理模式单一、公众参与缺失等，为此，李亚红（2008）建议必须创新环境管理体制与制度。现代环境管理体制应该能够实现环境保护的统一决策和统一监督，实现部门之间良好的分工与协作，应该建立有效的协调机制和多元化的管理模式，应该能够在国家管理的基础上引入公众参与的力量。国冬梅（2008）认为，新成立的环境保护部还不能很好地解决与相关部门的职能交叉问题，因此建议恢复组建新的国务院环保委员会或可持续发展委员会，办公室可设在环境保护部，另外可推动制定协调部际环保工作的法律性或授权性文件，从而推动综合决策落实到位。

龚亦慧（2008）提出，全面提升环境保护在国家执政体系中的地位，要赋予环境部门更高、更强的决策和综合协调权力。王怡、王艳秋等（2011）提出，环境管理体制模式应以统一监管机制、协调机制、综合决策机制、三元机制为运行机制，消除环境问题中的体制性障碍，实行垂直和扁平化管理相结合。马中和吴健（2004）认为，环境保护没有部门色彩，所代表的是国家和社会的整体利益，强化环境保护职能，能够抑制一些部门的利益动机。新的环境管理体制应当是高度统一的，应当是分工合作的，应当真正落实综合决策，还应当具备跨部门协调的功能。

任景明（2013）比较系统完整地研究了环境保护参与宏观调控职能的历史、现状、经验教训以及改革建议。他认为环境问题的复杂性和环境管理的系统性，使人们认识到统一监管是环保工作的基本要求，综合决策是其重要宗旨。为此，他提出要进一步建立环境与发展综合决策机制，设置跨部门高规格环境管理协调机构。关于环保参与宏观调控的手段，任景明认为，除了运用传统的财政和货币等经济宏观政策手段以外，也包括政府直接干预市场主体的行为的发展规划、法律手段和行政手段等非传统意义的宏观调控手段，如市场准入、数量管制和价格管制、自然垄断和共有资源管理等。2004年以来，国家环保总局根据国务院要求，运用环境标准、环评等手段，组织开展钢铁、水泥、电解铝行业投资项目专项清理，2006年进行的绿色GDP核算，以及开展环境功能区划，研究不同区域的功能定位和发展方向、资源环境禀赋、经济条件，制定不同的产业准入门槛，2007年提出的“区域限批”等都是环境管理部门参与宏观调控的形式。

在反思环境管理主管部门参与宏观调控的效果未达预期的主要原因时，任景明认为主要是：1）项目资金来源的多元化，宏观调控着眼点以外的“自筹和其他资金”项目从1981年的55%上升到2006年的72.6%；2）以重点行业规模以上企业为重点宏观调控对象，导致占企业总数99.9%、国内生产总值的50.5%，污染负荷约占50%以上的中小企业未纳入宏观调控范围；3）在GDP考核和生产型增值税的体制背景下，彻底将中国推向了一个不计资源环境后果的国际产业大规模转移下的“世界工厂”。在前两个因素影响下，“十五”期间，国家环保总局共审批建设项目仅占全国审批建设项目的0.17%，计划投资占同期全社会固定资产计划投资额的11.6%。由此，他认为现行的环境管理制度（主要指宏观调控）的体制机制很难抵挡各利益主体膨胀的低质“增长”的动力。

综上所述，学者们对强化统一监督执法基本没有太多分歧，同时也倾向于在监督执法基础上增加综合管理的权限，但是对于如何配置综合决策、统筹协调权的方式以及现有体制下的可行性方面有不同认识，对具体执行职能的分权、放权还是争议较大，学者观点相对同意执行分权，但管理者担心监督执法权很弱的情况下，将执行权分权、下放可能进一步弱化环境管理主管部门。