碳市场中，第三方核查机构起着非常重要的作用。例如，美国东部地区温室气体倡议(Regional Greenhouse Gas Initiative，简称RGGI)市场委托第三方机构参与监管可以解决政府内部技术及专业监管力量不足等难题。核证机构的核证行为决定了出让人的碳排放权是否可以进行交易，是保证碳排放权交易制度公正性和科学性的关键，核证机构必须严格遵循法定程序和业务要求，审慎履行职责。如果核证机构严重不负责任，为了牟取非法利益出具虚假的核证报告，甚至与被核证的交易主体勾结起来欺诈社会公众，逃避监管，无疑会对相关方造成严重损害，违背碳排放权交易制度设立的初衷。因此，应加强对核证机构的监管，制定《碳市场交易第三方机构管理办法及核查指南》，规定碳排放第三方核查机构的准入制度和核查标准，明确第三方核查机构的工作程序和流程，建立核查机构评级制度、保密制度等，建立碳排放评价标准体系和监测报告核查体系以及相应罚则等内容，规范第三方核查机构核查行为。

真实、准确、全面的碳排放数据是建立碳排放权交易体系最重要的基础。对于一个交易无形产品的市场来说，市场参与者的信任无疑是非常重要的，任何在碳排放数据上的弄虚作假，将打击市场参与者的信心。因此，应制定部门规章——《企业碳排放信息报告与核查实施细则》，以建立完善的碳排放数据报告制度，确保报告流程的规范、报告数据的质量和数据核查的独立客观。建立较为完善的政府监管抽查机制，赋予政府主管部门对企业的碳排放报告和核查机构的核查报告进行随机抽查的权限，严厉查处“造假者”。