配额分配方法的确定对于配额分配至关重要。分配方法一旦确定，纳入企业的配额数量也基本确定，“自底向上”的各省ETS覆盖下的排放上限随之确定。分配方法的确定主体可以是中央政府，也可以是各省级政府。

由中央政府确定分配方法，有利于保持市场的“统一性”，确保全国市场总体目标的实现。首先，可以避免各省单独确定分配方法，“竞底效应”导致配额过剩、社会总体减排成本增加，及区域竞争力扭曲。其次，统一分配方法的权威性更强。第三，采用统一分配方法，能够从总体上调节不同行业间的配额分布，有利于与国家层面的产业政策保持协调，避免可能导致效率低下的地方保护行为。

中央政府确定统一分配方法也存在缺点。一是省级政府缺乏自主权，会影响ETS降低各省实现碳排放控制总体目标成本的效果。由于区域发展情况不同，各地可能对不同行业的发展采取不同的态度，而配额分配是体现这种态度的重要方式。例如，发达地区可以通过减少免费配额数量，刺激高排放行业转移，促进实现产业升级。但全国统一方法可能削弱这种影响。二是信息不对称显著。确定配额分配方法，需要考虑地区和企业层面排放和发展情况，由中央政府统一确定的成本较高。地方政府则对企业情况更为了解，而且和企业有较好的协商机制，能够降低成本。三是统一方法无法考虑到各地企业的情况差异。例如，由于能源资源禀赋、技术水平等的差异，不同地区同一行业的排放特点可能不同。若采用统一方法，可能导致“鞭打快牛”等不公平问题。

省级政府作为决策主体的优缺点和中央政府作为决策主体正好相反。优点有：能够充分体现区域差异;发挥地方政府的自主性，体现其产业政策特点;信息不对称程度低，确定方案的被接受程度较高，成本较低。

该方式主要有两个缺点。一是过于分权可能导致“囚徒困境”。省级政府出于对本省工业行业的保护，会倾向于制定较为宽松的分配方法，造成配额过剩。从而使非ETS部门承担过多的减排责任，ETS的排放总量、省级ETS覆盖部分的排放总量和企业三个层面的配额数量相等。

增加碳排放控制的总体成本，影响ETS的实施效果。二是差异化的分配方法可能导致区域间企业竞争力的扭曲，进而引起竞争力受到影响地区企业和政府的不满，影响ETS的实施。而且，按照我国的政策传统，全国统一的政策体系应该有统一的指导方案，否则会影响统一市场的形成。

配额分配时要保证全国ETS的排放总量省级ETS覆盖部分的排放总量和企业三个层面的配额数量相等。

全国ETS总量的确定方式、省级ETS总量的确定方式、企业配额分配方法的确定主体，这三方面问题都有多种政策选择，根据不同选择的组合，理论上最多有12种分配方式。

确定全国统一ETS的配额分配方式，其核心是确定中央政府和省级政府间的决策权分配，需要在不同政策选择之间进行协调与权衡。中央政府拥有较大决策权，有利于统一市场的形成，提高ETS的经济效率;但很难充分考虑地区差异和地方特点，可能限制地方政府的行政空间，而且实施成本较高。若地方政府有较大的决策权，则可以充分考虑地方特点，发挥ETS帮助地方政府低成本实现碳排放控制总体目标的作用，且能降低信息不对称引起的实施成本;但可能由于“囚徒困境”导致“竞底效应”，造成配额分配过量，使非ETS部门承担过多的减排责任，增加碳排放控制的总体成本。