CAL ETS制定了三个阶段的减排计划。其中，第一阶段（2013—2014年）至少90%的配额免费分配给所有企业；第二阶段（2015—2017年），对高泄漏类（High Leakage Category）企业免费分配所有配额，对中等泄漏类（Medium Leakage

Category）免费分配75%的配额，对低泄漏类（Low Leakage Category）免费分配50%的配额；第三阶段，对高泄漏类企业的分配不变，中等泄漏类和低泄漏类企业免费分配的比重分别下降至50%和30%。

2013年CAL ETS免费配额主要分配给电力企业（不包括发电厂）、工业企业和天然气分销商，免费分配量逐年递减。其中，对工业企业分配基于产出和具体行业的排放强度基准；对电力企业的分配基于长期采购计划；对天然气企业分配基于2011年的排放量确定（暂定）。其他配额则通过季度性的单轮、密封统一价格拍卖。2012年的拍卖底价为10美元(考虑通货膨胀因素，每年上涨5%)。

CAL ETS配额分配机制与欧盟近似，其最大的区别是对投资者所有的公用事业（Investor-owned Utilities, IOU）设计了双重拍卖机制（Double Auction）。根据规定，尽管所有的公用事业企业都将获得免费配额，但投资者所有的公用事业企业在获得配额后，不能直接用来履约，而需要将这些配额投入到拍卖市场出售，且拍卖所得收益必须服务于纳税人。IOU企业履约所要求的配额需要其与其他排放企业一同参加拍卖竞拍获得。之所以要设计两次拍卖，让IOU企业同时成为买家和卖家，首先是为了使监管部门能更高效地指定和引导拍卖收益服务于纳税人；其次，这种机制设计避免在能源市场创造扭曲现象，保证了公平竞争；最后，双重拍卖也为拍卖市场带来了更多的参与者与配额交易，增进了市场活力。目前，这种机制仅用于投资者所有的电力分销商，2015年之后对天然气供应商也将采用类似的机制。