在调研中，我们看到各地在发展林下经济中差距不小，存在着一些问题。

思想观念尚有差距。比如，有些地方认为林下经济成不了大气候，抓林下经济属于“小打小闹”，持消极应付和怀疑观望态度；有些地方把林业资源保护仅仅作为生态保护的一个方面，忽略了森林生态系统的非木质生产和经济功能，没有认识到林下经济是对林业资源价值的再开发，而这正是对生态更为积极有效的保护。

市场组织化程度低。目前林下经济主要是以农户家庭经营为主，规模较小，自产自销，市场竞争力不强，抵御风险能力较弱。以“林菌”模式为例，因没有专业菌棒生产企业，没有实行统一集中供种，多数农户自行制作与扩繁，不仅菌棒成本高，而且质量无保证。同时，由于龙头企业和林业协会发展相对滞后，缺乏专业技术人才，一些市场前景好、产业化程度高的项目受资金和人才制约，无法落地实施，致使林下经济科技含量较低，产业链条短。

科技支撑能力不强。这是发展林下经济的重要制约因素。第一，普通农户大多沿用传统种养方式，经营模式和品种单一，难以满足市场多样化需求。第二，加工企业往往单纯追求产量，产品深加工能力不足，资源消耗量大，附加值低，经济效益不明显。第三，很多地方既没有完善的技术标准体系，也没有相应的技能培训与服务指导，致使种养成本过大。

资金制约因素大。调查表明，30%的农户认为资金缺乏是发展林下经济的主要障碍。金融部门对林农贷款额度小、门槛高，同时由于抵押物不足，农户很难从金融机构获得贷款，发展受到限制；一些种养大户虽取得了经济效益，但在扩大规模时也面临资金困难。

基础设施薄弱。由于林区大多道路建设等级低，通电通水条件差，建筑材料运输成本高，林下经济发展遭遇诸多不便。尤其是在贵州等地森林资源多分布于高、远、偏僻的山区，基础设施薄弱，使先进的种养业方式无法推广，从而制约了林下经济的规模化发展。