环境保护领域改革进入深水区，受到体制机制制约加剧。环境保护的执政理念不断深化，日益成为国家意志，生态文明引领新的价值观加速转变，但经济社会环境问题日益交织，法规、体制、机制、制度、政策“绿化”尚未形成，环保系统承受的要求与其支撑能力、调控手段存在一定差异，在夹缝中负重前行成为一种环保工作新常态。

环境管理交叉错配现象严重，多头管理问题突出，职能交叉，执法主体和监测力量分散，统一的生态环境管理体制改革关系到多个部门职能权利，调整难度大。国家层面的53项主要生态环保职能中，40%在环保部门，60%分散在其他9个部门。在环保部门承担的21项主要职责中，与其他部门交叉的占48%。环境保护缺乏有效的监督制约机制，国家环境保护的政策法规在少数地方得不到坚决有效执行，一些地方保护主义尚未得到有效根治。环境监管力量与日益繁重的环保任务不相适应。环境管理手段落后，保障条件不够，治理能力不足，“小马拉大车”现象还比较普遍。