财税体制重大改革总体上将对环境保护机制、体制、制度完善起到积极作用，对未来环境保护工作持续产生利好影响。但近期财税体制改革的动向、具体操作等尤其应该引起注意，在环保投融资机制不健全、全面改革尚未完全到位时，近期财税体制一些具体做法将对环保投资和环保部门经费保障产生“阵痛”影响不容忽视，部分环保投资稳定的来源渠道将进一步丧失，基层政府环保支出和环保部门经费将受到较大的冲击，环境监管能力建设资金日益缺乏保障。

一是财政转移支付制度改革将影响政府环保支出的保障能力。财政转移支付制度改革将波及近一半的中央政府环保支出，中央和省级专项的带动性和针对性受到影响，最重要的是有可能被基层和财政保障情况较差的地区“统筹”用于其他经济社会事务。近年来，中央财政专项转移支付占中央政府环保支出的比例达到50%左右。不少省份近年来主要是通过应急式的专项资金固化为主要的投资渠道，从而扩大政府环保支出，这对于带动地方和社会投资，针对性地解决重大环境问题起到了积极作用。随着专项转移支付压缩整合与一般性转移支付的强化，若无约束性的支出政策制度规定，将使国家和各省环境保护专项定向投入受到较大影响，难以保证资金用于地方环境保护事务，对国家大气、水、土壤、重金属等规划、计划实施投入保障存在不确定性，治污投入极有可能被“统筹”、“整合”降下去。

二是排污费改税将改变目前地方环保支出格局。调查表明，环境保护费改税将使近三成的政府环保投资、近四成的基层政府环保支出和部门经费、七成多的能力建设资金受到影响，需要切实先行解决环保投资和部门经费保障的财政预算“硬”约束问题。排污费每年稳定提供100亿元左右的治污资金，占政府环保投资的24%左右，提供30%左右的环保系统经费来源和支出，尤其特别需要指出的是，排污费提供了全国县级环保经费的40%、全国监察执法系统经费的40%、中部地区环保系统经费的40%，全国能力建设投资的77%。若仅原则规定原由排污费安排的支出纳入财政预算安排，缺乏必要的保障和具体的实施细则，费改税将打破基层环保部门经费和环保投资或明或暗的“以收定支”、“总量平衡”的传统格局，财力薄弱地区政府环保支出和部门经费难以保障，尤其是编制外人员的经费将面临失去保障的严峻问题。特别是营业税改增值税后，一段时间内地方自主收入会有一定程度的降低，在地方税种改革尚未完全到位时，环境保护投资尤其是政府环保投资很可能会降低，相当多地方“吃饭财政”可能不得不压缩环保支出。

三是运用政府和社会资本合作与环境污染第三方治理将进一步强化社会资本投入。政府和社会资本合作模式（简称PPP）作为投融资模式的重大创新与项目管理方式的重大转变，运用PPP模式已成为加强公共产品和服务供给质量与效率的重要途径，国家先后出台数十项政策文件，明确在包括环境保护等在内的相关领域积极引入社会资本，推广PPP模式。为落实《水污染防治行动计划》，财政部、环境保护部制定出台《关于推进水污染防治领域政府和社会资本合作的实施意见》（财建[2015]90号），积极引入社会资本投入水污染防治领域。《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》明确提出了推行环境污染第三方治理。2014年12月27日，国务院办公厅以国办发〔2014〕69号印发《关于推行环境污染第三方治理的意见》。在环境保护领域积极推进PPP模式和环境污染第三方治理，将有利于环境保护市场的进一步开放，促进社会资本的投入，环境保护投资渠道将进一步拓宽。

四是推行环境绩效合同服务将更加注重资金投入效果。国务院印发的《水污染防治行动计划》明确提出了采取环境绩效合同服务、授予开发经营权益等方式,鼓励社会资本加大水环境保护投入。在政府和社会资本合作模式中，也将逐步建立基于效果的付费体系。推行环境绩效合同服务，强化资金投入效果是顺应环境管理战略转型的需要，是实现环境质量改善为核心的重要举措。资金投入的绩效也将逐步与财政资金分配、政府付费等挂钩，将推进环境保护投资从规模型向效益型转变，环境保护项目重投资、轻效益的现象也将得到一定的改观。