目前，我国政府环境审计制度实施的问题主要体现在立法、体制、机制、技术和制度保障等多个层面，其中立法和体制机制是制约政府环境审计制度实施的主要障碍。

从立法层面看，无论是领导干部自然资源资产离任审计还是政府环境审计制度实施，均面临法律依据不足问题。在我国的审计法、环境保护法与各类资源法中，均没有对开展领导干部自然资源资产离任审计及政府环境审计做出明确规定。因此，无论是国家审计署还是环境保护部门，均没有开展政府环境审计充足的立法依据。

从体制层面看，目前我国财政资金审计主要由审计署实施，各部委建有内部审计机构协助审计署开展工作。但在政府环境审计领域，尚未有明确的审计主体。从政府环境审计制度的实施层面看，环境领域涉及范围非常广，专业性强，对审计人员的要求非常高。在目前实施的经济审计中增加环境审计的内容，无法对环境保护工作产生实质性推动作用。因此，必须创新体制，从顶层设计上解决环境审计制度建设问题。

从机制设计上，必须理清目前实施的绩效考核和政府环境审计工作的关系，协调处理好各项工作之间的关系。从环保部门内部看，现行的考核侧重点和目的不一，名目繁多的考核导致地方政府疲于应付，无法有效督促各级政府环境质量保护责任落实，考核结果由于缺乏有效的后督察手段，部分考核手段没有发挥应用的推动性作用。从内容上看，除了财务审计外，绩效审计和绩效考核的方法并没有大的差异，政府环境审计重点解决的是考核或审计结果的权威性和效果性问题，着重点在责任落实。因此，政府环境审计制度的建立能够直接或间接强化各类考核手段的作用效果。

在实施技术保障层面，政府环境审计尤其是绩效审计涉及不同的要素、行业和领域，技术性非常强，需要制定统一的审计准则和配套的技术方法体系，以指导和支撑政府环境审计工作开展。同时，审计实施过程中还需要解决机构和人员能力问题。没有一支专业的审计队伍，建立政府环境审计制度就是一句空话。

在制度对接运用方面，政府环境审计制度的实施需要科学、规范并具有法律意义的账簿记录和统计监测数据的支持，在结果应用上更需要人事管理和党内外监督部门的配合，以强化审计结果的客观性和工作开展的权威性。