2013年9月5日，欧盟委员会公布其对于EU ETS 第三阶段实施NIMs的决定，确定在EU ETS第三阶段，总签发 EUA 配额数量为153亿tCO2e，其中免费分配 EUA 数量为66亿t CO2e，占总量的 43%；拍卖和新入者预留的配额数量为87亿t CO2e（拍卖数量81亿7千万tCO2e，新入者预留5亿3千万tCO2e，占总量的 57%。

2013年为欧盟28国及欧洲自由贸易区成员（EEAcountries，Iceland, Liechtenstein and Norway）设置的排放配额为20.84亿t CO2e。在 2013年之后的每一年，这个每年发放配额的上限将在 2008~2012年配额总量平均值的基础上逐年减少1.74％。从绝对数字来看，这意味着配额总量将每年减少0.38亿t CO2e。由于配额总量的减少，预计到2020年固定装置的排放量将会比2005年低21％。

与固定装置配额不同，航空部门配额在2013~2020年交易期间每年保持不变。年配额总量为2.10 亿tCO2e航空配额，比 2004~2006 年基准期的年平均航空排放量下降了 5％。

在第三阶段，EU ETS覆盖的行业及受控气体的种类有所增加。另外 EU ETS受控的排放设施的配额分配将不再受成员国的控制，而是由欧盟委员会制定统一的配额分配方案。但是，虽然受控气体种类增加，行业覆盖范围扩大，参与成员国增至31国，但年均配额总量由第二阶段的20.83亿tCO2e（欧盟 27 国）下降至第三阶段的19.13 亿tCO2e（欧盟 28 国加 EEA-EFTA3 国），下降比例达8.2%，这进一步说明欧盟在很大程度上缩紧了配额。