2004年，欧盟发布了2004/101/EC号指令，允许各个实体通过在CDM和联合履约（Joint Implementation,JI）下通过开展项目合作来获取减排信用，以抵消其部分碳排放。2004/101/EC指令，也被称为链接指令，因为其将EU ETS与京都机制连接起来。该链接指令的目的是以高成本效益和经济有效的方式来推广温室气体减排，并且通过资金支持来鼓励发展中国家和经济转型国家的可持续发展。

2008年起，欧盟引进CDM和JI作为EUETS的抵消机制，允许运营商使用CDM或JI项目所产生的国际抵消信用来抵消部分排放量，2008~2020年期间整体的合计抵消额度不能超过这个阶段50%的减排量。

第二阶段各个成员国允许运营商使用的抵消信用数量由各国的国家分配计划（NAP）各自规定。第二阶段和第三阶段运营商可以使用的抵消信用数量之和由欧盟统一规定。欧盟在2013年11月公布了相关国际抵消数量的规定：对于在第二阶段获得免费配额的运营商，2008~2020年可以使用的国际抵消信用数量之和不得高于其在2008~2012年期间允许使用的国家信用数量或者2008~2012年期间分得的免费配额数量的11%；对于第三阶段新纳入的运营商，2008~2020年期间可以使用国际信用数量上限为2013~2020年排放量的4.5% ；对于第三阶段有新增设施的运营商，2008~2020年可以使用的国际抵消信用数量之和不高于2008~2012年期间允许使用的信用数量或者2008-2012年期间分得的免费配额数量的11%或2013~2020年排放量的4.5%；对于航空运营商，2013~2020年期间可以使用的国际信用数量上限为排放量的1.5%。