基于项目的
减排和基于总量控制的排放配额在性质上有着本质的区别，同时存在着无数的环节。
第一，交易的商品不同。配额交易基于总量控制交易机制，减排交易基于项目自愿减排机制。
两种交易产品的区别在于，一是配额排放是绝对的，自愿减排是相对的，二是配额是预先设定的，在
市场开放之初会发放给企业，而减排是事后产生的，只有减排行为确实发生并
认证后才能产生，三是配额量确定，交易开始前已经确定了每年的配额量，认证后才能知道准确的减排量。
第二，交易的范围不同。配额交易的范围一般仅限于当地
碳市场。比如欧盟的配额只能在欧盟内交易。同样，中国
碳交易试点的配额只能在当地企业之间进行交易。
相比之下，减排交易明显是跨区域的，最典型的代表是清洁发展机制项目，其项目开发产生的认证减排(CER)信用可以在世界大部分地区流通;其他自愿减排标准，如认证减排标准(VCS)或黄金标准，也可以在世界范围内制定，减排也可以出售给世界。
同样，中国经认证的自愿减排(
ccer)信用也可以在一定条件下在碳交易试点中流通。
第三，交易的目的不同。配额交易的主要目的是为了企业履行义务，而减排交易既可以满足排放企业履行义务的需要，也可以满足其他企业和个人履行社会责任的需要。
特别是自愿减排标准，主要是为了满足企业社会责任的市场需求。所以配额交易的需求完全来自碳市场的内生，而减排交易的需求不一定。
在强制性减排市场中，减排是配额的有效补充。因此，为了保证配额市场的需求，每个碳市场通常都会限制减排的使用。
根据《
碳排放权交易管理办法（试行）》的规定，重点排放单位每年可以使用国家核证自愿减排量抵销碳排放配额的清缴，抵销比例不得超过应清缴碳排放配额的5%。
