在这个阶段里，欧盟吸取了第一阶段配额分配过松的教训，最终将EUAA的最大排放量控制在了每年20.98亿吨，对各个国家上报的排放额度仍是以免费分配为主。在这一阶段，开始引入排放配额有偿分配机制，即从配额总额中拿出一部分，以拍卖方式分配，排放实体根据需要到市场中参与竞拍，有偿购买这部分配额（例如，德国就拿出10%的排放配额进行拍卖）。同样，第二阶段里排放实体每年剩余的EUA可用于下一年度的交易，但也不能带入下一阶段。

　　从2013年开始的欧盟排放交易体系第三阶段据了解欧盟将会对第三阶段的交易机制进行大幅度改革，以避免内部市场失灵。同时还要扩大纳入排放体系的行业范围，强化价格信号作用以引导投资，创造新的减排空间，减少总的减排成本，提高系统效率。此外，以拍卖方式分配的配额比例将逐步提高。

　　波动的配额交易经历

　　2006年5月前，EUA价格上涨很快，一度曾上涨到30欧元/吨。2007年的价格开始下降，在EU-ETS运行的第一阶段临近结束的约六个月时间内，价格在0欧元附近一直持续。到了2007年年底价格一度上升到22欧元/吨。2008年上半年价格也居高不下，2008年7月1日更是创下了28.73欧元/吨的历史最高纪录。直到2008年第三季度以后，价格才开始下滑。此后，受全球金融危机影响，现货价格一路下降，2009年2月触底反弹，目前维持震荡整理态势。2009年12月份哥本哈根气候大会的无功而

　　返进一步加重了现货价格的盘整趋势。