管理办法的第三十九条和第四十条分别针对“未按规定报告处罚”和“未履约处罚”进行了规定。两条处罚规定对于经济处罚方面仅规定最高3万元的罚款，但会等量核减其下一年度碳排放配额。曾在征求意见稿第四十六条出现的“联合惩戒”条款（对违反本办法第四十三条至第四十五条规定而被处罚的重点排放单位，省级生态环境主管部门应当向市场监管、税务、金融等管理部门通报有关情况，并予以公告）并没有在管理办法中出现，有待后续相关政策的补充。