清洁发展机制在碳排放权交易层面主要体现为核证减排量(CER)的转让（从《京都议定书》附件一(Annex I)以外的国家，转让至《京都议定书》附件一所列减排义务国家）。简而言之，在中国即由发改委（作为清洁发展机制的中国境内实施机构）审核批准的清洁发展机制项目产生相应的CER，并由项目公司将该等CER通过协议转让或自愿取消(voluntary cancellation/“retirement”)的方式转让至相关的负有减排义务国家的买方。 

目前的国内碳排放权交易市场两种交易类型分别是总量控制配额交易和项目减排量交易，前者的交易对象主要是指政策制定者分配给各企业的配额，后者的交易对象则主要是通过实施项目削减温室气体而获得的减排凭证（从清洁发展机制的角度，该等减排凭证无论是否由境内政府机构认证，仍属于自愿减排的范畴，无法被前述附件一所列国家主体用于履行《京都议定书》项下减排义务）。