一是全市范围内实施的一致性税额对主体功能区空间需求差异考虑不足。根据规定，2018年~2020年，重庆对全市气体污染物和液体污染物分别征收2.4元和3元每当量的环保税税额；从2021年起，对全市气体污染物和液体污染物分别征收3.5元和3元每当量的环保税税额。然而，重庆市内不同主体功能区功能定位不同，区域内的经济发展水平、人口分布状况以及生态环境保护能力等区情迥异。当前，在全市范围统一征收的一致性税额，实际上是没有考虑主体功能区空间需求差异的“一刀切”式环保税。这种“一刀切”式的环保税，不利于从区域层面营造公平的税收环境，不同主体功能区以及区域内的企业应对措施就显得参差不齐，且主体功能区之间的板块联动、资源配置优化和整体效能的发挥受到了极大影响。例如，重庆主城、渝西片区及渝东南片区承担着不同主体功能区的发展定位和发展任务，而现行环保税税额的设定未考虑此类区域发展战略定位差异，拉大了区域绿色发展差距。

二是流域一体化视角下环保税制度设计的协同机制不完善。我国现行环保税由中央政府立法，地方政府根据各地情况自行制定本省市具体税额，因而往往忽视了环保税在跨省级行政区域尤其是跨省级流域上的协同合作。如三峡库区范围主要涉及重庆和湖北两地，从全流域视角来看，隶属重庆和湖北两地的三峡库区实际上是一个不可分割的完整地理单元。然而，上述区域现行环保税皆以传统行政区为基本单元，环保税额标准各异。

其中，重庆对全市气体污染物和液体污染物分别征收2.4元和3元每当量的税额；湖北则对全省废气中的二氧化硫和氮氧化物征收2.4元每当量的税额，其余气体污染物征收1.2元每当量的税额，废水中的化学需氧量、氨氮、总磷和5项主要重金属征收2.8元每当量，其余液体污染物征收1.4元每当量的税额。重庆是保障三峡库区补水和水质的关键地段，与湖北省相比，重庆环保税在污染物税额和污染物细化层面上都与重庆特殊区情不太相称，不利于推进流域整体性的生态环境治理。

三是全市环保税对特殊污染物税额设定缺少精细化。重庆现行环保税仅按气体污染物和液体污染物的总体排放量征税，未加以细化分类。由于不同类型的气体污染物和液体污染物对环境的破坏作用不尽相同，这种相对单一的税种设定不利于分类施策和精准治理。以上海、天津和湖北等地为例，不仅分别对二氧化硫、氮氧化物、化学需氧量和氨氮等进一步细化了环保税种，且对环境破坏较大的气体和液体污染物设置了更高的税率。当前，相对粗放型和笼统化的环保税，在很大程度上避开了越来越占据污染来源绝大多数的特殊污染物。