目前，虽然在京都议定书框架内对发展中国家尚无强制性减排要求，但面对日益增长的碳排放量和国际环保、碳关税贸易壁垒压力，我国极有可能在未来很短时间内承担一定数量的碳减排任务，因而，我国已将低碳经济列入国民经济和社会发展规划。然而，从发达国家低碳经济的发展历程来看，我国的低碳经济之路还需要经历一个漫长的时间，而低碳审计作为这个过程中必不可少的监督机制，在我国仍处在探索阶段，存在诸多问题。 

第一，比之西方国家较完备的环境财务会计体系及其更具针对性的特殊环境事项会计规范等，我国环境财务会计较为零散，并未形成体系，使得以此为基础的碳审计工作既缺乏理论方面的研究，碳审计实务工作又缺乏指导，理论与实务严重脱节。在我国大陆地区，碳审计仍是个全新的概念，对于碳审计的动因、目标内容等仅仅是一个个模糊且亟待澄清的基础理论概念，更谈不上碳审计标准、方法、绩效评价等以基础理论为契机延伸出来的应用理论。 

第二，公众对碳审计能促进实现和发展低碳经济缺乏广泛的认知度，企业甚至质疑碳审计的公平、公正，担心涉及除资金状况以外的碳排放数据会泄露商业机密，以至于出现提供资料不及时、不完整、不真实的情况，大大增加了碳审计取证的难度。

第三，作为一个全新的审计领域，开展碳审计的专业人才不足。目前在有限的碳审计实践中，受专业知识和业务水平的限制，审计人员主要还是依靠之前在财务审计中积累的经验，采用的技术和方法也往往局限于传统的财务审计技术和方法，从而使得碳审计提供的鉴证结论可信度降低，因而绝大多数注册会计师对碳审计望而生畏，这样既丧失了在审计服务市场中拓展的机会，又有碍于审计行业的发展，更不利于环境、经济的协调发展。