1、配额初始分配的方法

碳排放交易的配额初始分配包括无偿和有偿两类基础方法。采用无偿分配方法需要政府部门事先进行数据收集，并根据数据类型的不同，进一步分为祖父法和基准法。在效率层面，祖父法流程简单方便，而在公平层面，基准法则有利于“奖励先进、惩罚后进”。有偿分配方式则真正体现了污染者负担原则。在效率和公平层面，拍卖和定价销售都优于无偿分配方法。在环境效果层面，有偿分配仍基于排放总量的设定。但由于部分产业的竞争力下降，可能会导致碳泄漏的问题，进而危及到环境效果。因此，在制度运行的初期阶段，有偿分配方式不宜大范围采用，但随着制度运行的稳定和成熟，有偿分配将逐步取代无偿方式成为主要分配手段。

2、基于产业部门的层级分配

在配额初始分配过程中，还需要将产业部门和企业之间的分配层级纳入考虑范围。“政府――企业”的单层模式适合于产业部门涵盖类型单一且纳入企业数量较少的情形，单层模式的优势在于公平性的保障和效率的提高。但是，单层模式不利于产业之间的平衡以及竞争力的保护，不同产业在经济体系中的重要性以及竞争力问题很容易被忽视，导致形式上公平的配额分配造成事实上的不公平结果。“政府――产业――企业”多层模式适合于分配对象涵盖多个产业部门的情形。在该模式下，配额总量将被分解到各个不同产业，然后对产业内部的企业进行具体分配。多层模式的优势在于有效平衡产业部门之间的差异，准确反映产业内部企业的配额需求，避免了产业之间的竞争扭曲。但是，多层分配模式也会增加政府部门的行政管理负担，配额在产业分配的标准透明度问题也值得关注，这增加了分配实施准备工作难度。