船舶燃用高含硫量劣质燃油是造成污染排放的最大影响因素。目前，我国船用燃料消耗中有60%~65%为船用燃料油，少量用轻柴油（普通柴油）。根据《船用燃料油》（GB/T 17411-2012）标准，目前，我国的船用燃料油硫含量在1%～3.5%（10000ppm～35000ppm），是国四柴油（含硫量50ppm）的200～700倍。媒体称，使用高硫油的船舶如同烧着劣质煤、没有尾气处理装置的“移动火电厂”。

为了控制船舶的SO2和PM排放，新标准中对船舶使用燃料做出了规定：内河船和江海直达船，应使用符合GB 252标准的普通柴油；标准适用范围内的所有船舶，不允许使用船用残渣油；沿海船舶可以使用硫含量不超过1000ppm的船用馏分油。船用燃料的规定，不仅适用于新生产的船舶，同时也适用于正在使用的所有船舶。