重要差异主要表现在五个方面：一是核算边界不同，《国内指南》以法人主体为边界，而《温室气体规程》要求采用股权比例法或控制权法确定组织边界；二是核算范围不同，《国内指南》只对范围一和范围二的温室气体排放核算做出规定，而《温室气体规程》对范围一、范围二和范围三的温室气体排放核算均予以规定；三是温室气体排放种类要求不同，《国内指南》要求核算的温室气体排放与《温室气体规程》要求核算的七类温室气体排放不尽相同；四是范围一、范围二排放核算技术细节存在差异，例如，国内燃料燃烧排放普遍采用燃料的低位发热值或实测发热值，《温室气体规程》要求采用高位发热值进行计算；五是排放因子未及时更新，不能反映近年来我国能源结构和能耗水平的重大变化。