配额拍卖发放也存在着不可忽视的问题
然而，配额拍卖发放也存在着不可忽视的问题。由于不同行业和企业的排放总额和减排潜力存在着巨大的差异，如果进行覆盖所有行业的配额拍卖，将可能会导致行业和企业间的不公平状况。例如：资金雄厚的强势行业或者大型企业可能通过竞拍垄断配额交易市场，使得弱势行业或中小型企业在配额拍卖中处于不利地位。因此，覆盖多种行业进行配额拍卖的排放交易市场，在市场设立初期需要对市场各参与主体排放总量和减排潜力有所了解，并设置相应的措施以预防强势行业或企业在拍卖市场的垄断行为。一个可以考虑的举措是，在市场设立的初期及以后的一段时间内，配额的拍卖可以作为免费发放“祖父法”的一种补充，分行业分阶段逐步引入以实现配额的合理分配。
从“祖父法”和“拍卖法”的已有实践经验来看，排放交易市场初期的核心问题是：如何通过合理的排放配额分配、以形成合理的市场价格信号，有效价格信号的形成，是
碳市场能否真正发挥作用的关键。因而，在借鉴“祖父法”和“拍卖法”已有实践经验的基础上，一些新兴的
碳交易市场在设立初期，开始考虑“通过ZF定价固定配额价格”或者“在不同行业设置不同的配额”的分配方式，采取逐步市场化的策略来更好地发挥出碳交易市场在优化配置减排资源中的作用。
