目前难点有几个，一是数据库有待推进，二是投资框架有待构建，三是企业盈利模式有待开发。

首先，生物多样性相关的数据库才开始编制，行业层级和企业层级的数据库都已出现，但完整性有待改善。其次，基金经理必须对“生物多样性保护”做出符合国际约定目标的诠释，构建一个有意义的投资框架，从而才能选股。从全球市场上仅有的几支生物多样性股权基金看，经理显然对此还在摸索中。第三，投资人都希望从基金中获得一个合理的回报率，但基金盈利的前题是其中的个股要能盈利，在生物多样性保护领域，企业的盈利模式仍有待开发。

以长江禁捕为例，十年禁捕是为了给予渔类群种充分的休息时间，休养后才能复育。但在禁捕期间，捕渔公司虽然保护了渔类相关的生物多样性，但没有收入，也没法盈利。如果生物多样性基金是由这些捕渔公司形成，则虽然能达到保护目标，但盈利情况堪忧。换言之，这里有两个P，一个是保护（protection），一个是生产（production），两个P之间必须要能平衡。

对生物多样性公募基金而言，目前基金经理还在思考如何在保护和生产之间取得平衡。事实上，“保育金融”（conservation finance）是近年崛起的一个前沿领域，涉及如何以金融赋能生态保育，其中金融工具的开发者都在摸索如何在保护的同时也能让企业盈利。