碳金融制度交易机制发生的交易费用主要包括搜寻价格、达成协议、保障合约实施以及违约费用等。碳金融制度试图利用市场机制实现碳减排资源的优化配置，其核心目标本身为交易费用最小化，但是因为宏观经济环境的变化、市场垄断势力的影响以及非法行为猖獗等因素影响，致使我国碳金融制度交易机制的交易费用昂贵。碳金融市场中的非法合同使CDM 市场变化难以预计，极具脆弱性，对将来碳金融市场规则的制定也会产生影响，进而导致碳交易风险与费用剧增。

       我国碳交易市场虽然为数众多但是交易清淡，截至目前，我国同类的环境权益交易所已经多达20多家，但其主要功能均为CDM 项目的撮合与节能环保技术的转让交易，大部分的碳交易都在场外进行，能够真正实现场内交易的寥寥无几，各地交易所大都面临有价无市的尴尬。同时，众多交易所林立的局面无形中增加了买卖双方的信息成本和交易成本，各个交易所采用的核证标准也不尽相同，在进行国际碳议价时难以形成统一的声音，进而削弱了我国在国际碳市场议价的能力。

       碳金融是一种新型的创新性金融，存在诸如政策风险等诸多不确定风险，涉及跨境交易等诸多不同的专业领域，如清洁发展机制CDM 交易领域，国际上一般由商业银行等金融机构为碳金融交易提供专业的咨询服务，而我国在这方面没有足够的市场经验，也缺乏相关的人才储备，使得中介服务市场质量不高，抑制了碳金融的发展。

        我国主要通过CDM 项目参与碳金融活动的原因是，我国能源结构以煤炭为主，能源利用效率低，减排潜力巨大。而发达国家则把原始的廉价的CER产品，通过相关金融机构的包装，设计为价格更高、更复杂的碳金融衍生产品和担保产品并进行出售，以获取更大的收益。比如，2008 年，宝钢公司以10欧元/吨的价格向英国瑞碳公司瑞士信贷集团出售碳排放量，美国国际集团（ALG）以6.5 美元/吨的价格向四川和新疆购买碳排放量，而与此同时，荷兰和世界银行进行碳交易的碳排放量价格已经达到了23.15 欧元/吨。由此可以看出，尽管我国是CER 最大的供应国，由于企业对CDM 国际规则及盈利模式缺乏深入的了解，以至于失去了相应的权重地位，失去了对项目交易价格发言权，在整个碳交易产业链中只能处于低端。