第一，最直接和最显著的影响是国内航空公司欧洲航线的运行成本大大增加。飞往欧洲的中国航企有60%的碳排放将不得不从市场上通过拍卖方式获得，比欧盟本土航空公司的费用将高出4倍以上。如果以此计算，2012年，中国航空公司需要支付7.43亿元的碳排放税。这种成本增长在短期内对各航空公司的影响并不明显，只占到2010年国内航空公司净利润的2.3%。但是，这种成本压力将逐年递增。对于以欧洲为主要航空客源地的中国民航业，十分致命。此外，航空公司出于碳排放税收的考虑，会通过更换、淘汰现有机型，对机组人员进行培训等方式以减少碳排量，但这增加了航空公司的成本。
第二，欧盟此举会对国际空港格局造成深远的影响。由于经停欧洲成本增加，很可能造成中东地区空港的兴起，从而影响到国内航空业现有的运营战略。
第三，欧盟此举对于国内航空制造业也带来很大压力，迫使飞机制造商加大加快新型环保、低碳排量飞机的研制和开发，加大技术成本投入和创新，促进产业结构升级。
第四，将会造成欧洲航线票价几百元的上涨，因为航空公司在实际运作中，很有可能将这笔碳排放税以机票涨价等形式转嫁到最终消费者身上。另外，由于计算方式
问题，直飞所产生的碳排放税比转机要高，因此直飞和转机机票的差价会进一步拉大。
