欧盟开始以一种更加集中化的方式来执行分配碳配额
在第三阶段，欧盟开始以一种更加集中化的方式来执行分配，并且集中在欧盟层面上进行配额分配。国家分配计划的方式被终止了，取而代之的是国家执行措施（National Implementation Measures ,NIMs）。免费配额的分配是根据基准决议进行计算的，这可以确保配额能够在欧盟层面以和谐的方式进行分配。所有欧盟成员国和欧洲经济区——欧洲自由贸易联盟（European Environment Area-European Free Trade Association ,EEA-EFTA）的国家都需要对分配给他们每个设施的免费配额进行一个初始计算，并且将这些国家的执行措施通报给欧盟委员会。
配额的分配主要以两种方式进行，即免费分配和拍卖（销售）。免费分配主要基于两种方式法进行，即祖父法和基准线法。祖父法是根据历史排放数据来分配免费的配额；基准线法则为分配设定排放基准线，排放水平将根据类似的技术或者生产过程的某个排放基准进行设定。这两种免费的分配方法各有利弊，祖父法一般被认为在初始阶段可行，因其所面临的政治阻力较小，并且易于实施。但是，祖父法会导致负面的诱因，即“过去排放较多的实体会获得较多的配额”。而基准线法则可以避免上述情况发生，并且为高效的实体提供激励机制，但是对于基准的设定有较高的要求。相对于免费分配，拍卖则不需要历史排放数据，并且可以排除政治干预。相对而言，拍卖方式公平、透明，但会导致各个实体合规成本增加。
