碳排放权交易的前提是对碳排放权的初始分配。碳排放权的初始分配是在行政主管部门对环境容量资源总量控制的前提下进行的碳排放权配额的初始配置。碳排放权的不同分配方式决定了初始分配形成的法律关系的性质，如果采取行政许可的方式无偿分配，则形成的是纯粹的行政法律关系；如果是采取公开拍卖、固定价格出售、租赁等市场化的手段有偿分配，则涉及的就不是“市场—政府”、“私法—公法”、“民事法律关系—行政法律关系”简单的二元结构划分了，而是进入了“市场化政府经济行为” 的范畴。它的产生，体现了环境政策由“以命令与控制（command and control）为基础 ”向“以市场为基础”转变。在碳排放权交易中，交易的标的为减排信用（credit）或排放配额（allowance）。配额和信用作为排放权的载体，可以如同证券和商品一样在市场上自由交易，因而被称为“市场环境工具”（Market-traded Environmental Instruments） 。
目前对于碳排放权初始分配方式的探讨主要是美国1990年《清洁空气法案》修正案中设计的三种分配方式：无偿分配、公开拍卖、固定价格出售。根据我国《大气污染防治法》和一些地方性规定（如《湖北省实施排污许可证暂行办法》、《杭州市污染物排放许可管理办法》）的规定来看，我国现阶段采取的主要是行政许可的方式无偿分配。即由排污单位向环境保护行政主管部门提出申请，再经过环境保护行政主管部门审核并颁发排污许可证，这实质上就形成了对碳排放权的初始分配。
笔者认为，无偿分配在碳排放权交易实施的初期能够调动企业参与的积极性，促进碳排放权交易市场的发展。但从长期来看，这种行政许可的分配方式效率低下，容易导致行政权力滥用、诱发“寻租”行为，也不利于碳排放权交易的市场化运作，并且也违背了“污染者付费原则”（Polluter Pay Principle，PPP）。因此，应当引入市场化的手段（如拍卖 ），这正是为了弥补政府缺陷、克服政府失灵而将市场化的机制引入到政府行为中，用私法化的手段实现公共行政的职能。
