虽然近年来我国各大商业银行争相试水碳金融业务势不可挡，但是商业银行本身在开展业务的同时受到如下因素制约。

CDM项目合规性不足。碳金融中，我国商业银行参与程度最高的市场即CDM市场，但2009年CDM理事会共召开7次会议，拒绝了30个来自中国的CDM项目注册。据CDM公开资料显示，目前在CDM注册的项目数达1946个，自2006年7月以来，共137个项目遭拒，其中一半是来自中国、印度和巴西的项目。这充分说明我国立项项目在合规性方面存在普遍不足，需要商业银行积极开展中介服务业务应对挑战。

一二级市场CER存在价差。由于中国作为《京都议定书》的参与者，承担共同但有区别的责任，不承担绝对减排义务。所以我国在全球碳交易市场中处于纯粹卖方的地位。在CER价格上，中国限价为8欧元/吨，近年来实际成交价在10欧元/吨左右，但欧洲气候交易所公布的二级市场上CER再出售的价格达12欧元/吨以上，特别在2008年9月更高达21欧元/吨。可见，一二级市场上CER交易存在着巨大利润空间，这必将引导我国商业银行进行必要的业务创新。

后京都议定书时代的政策风险。《京都议定书》的第一个减排承诺将于2012年结束，届时随着后京都时代的到来，国际上具体的制度安排，包括我国在全球碳金融领域中的角色定位都存在着极大不确定性。这些政策风险将直接制约我国商业银行开展碳金融业务的积极性。