第一章“总则”共十条，规定了适用范围、入河排污口分类、源头防控等内容，明确了入河排污口监督管理的总体要求。
第二章“设置管理”共十三条，明确了入河排污口审批、登记管理范围，审批权限，审批程序，禁止设置、严格控制设置入河排污口的具体情形，以及同意设置、变更、注销等方面的要求。
第三章“监督检查”共十二条，明确了入河排污口信息化管理、监测监管、现场检查、规范化建设、公众监督等具体要求，以及违法设置入河排污口等行为的处罚规定。
第四章“附则”共五条，主要规定了文书格式、保密要求、施行时间等内容，同时明确了《管理办法》施行前后设置审批决定的衔接要求。
