红树林营造主要通过增加红树林生物质和土壤碳储量实现二氧化碳的清除。但另一个方面，红树林湿地受潮汐的间接性浸没，它们的土壤环境为微生物的呼吸和氮的代谢过程提供适宜条件，引起二氧化碳、甲烷和氧化亚氮气体的排放。如果添加外源性的营养（如施肥），将加剧土壤中这些温室气体的排放。尽管甲烷和氧化亚氮的年排放量低，但这两种气体具有很强的全球增温潜势，在施肥的情况产生的温室气体增排一定程度上会抵消湿地的增汇效应。