比较拍卖与免费分配的利弊，除了效率、公平性和竞争力等方面，还需考虑配额分配的交易成本,包括政府和企业的成本。

       按20每吨欧元计算，第一阶段“国家分配计划”每年要配置价值500亿欧元的二氧化碳排放权。政府必须拿出从工业部门到每个参与企业的分配方案。由于企业要求利益最大化，政府必然会陷人与各个企业大量的协商工作中。这期间会消耗政府、企业乃至咨询和研究部门大量精力和时间，从而直接或间接地产生庞大的支出。

       拍卖初始配额，让企业可以多次参与，灵活处理，同时也减少了企业向政府有关部门的游说，在一定程度上杜绝“寻租”行为，避免腐败问题的产生。同时，拍卖还会起到稳定排放权交易市场价格的作用。不过，拍卖也会使政府的管理难度增加，比较一次性的分配,拍卖的次数会更多，管理成本也会更高。因此，单从交易成本很难判断两种方式的优劣。虽然从ETS制度引人方面来考虑，无偿分配可能会更容易被接受，但同时也会给企业增添许多额外的“麻烦”。