实施排放权交易制度的国家需对交易活动建立严密的监管制度，以收集、掌握交易信息，追踪排污指标的去向和监督交易行为。法律确立的监管秩序和政府行政管理部门实施有效监督，是保护自由、公平的交易和总量控制目标实现的必然手段，也是实现环境效益与经济效益相统一的重要保障。政府监管主要通过以下制度进行：

       排污者的最低限制是主体的排污技术和设备要求达到法定要求，对不能达到该要求的新排放源，则没有购买资格，其排放权交易行为和结果则应确定为无效。环境保护监督管理部门要对交易双方主体资格进行认定，加大对出售指标者的环境监测和监督，只有符合条件者才能进行交易获得排放权，防止环境污染的加剧。在出售排污指标这个要求上，除了企业因为缩减生产规模而闲置排污指标外，对于企业因为技术改造而节余排污指标也应符合一定的要求。

       登记是政府掌握排污及排污指标情况的基本手段。相关登记包括排污申报登记、排污指标登记和排污指标交易登记等。排污申报登记是分配排污指标的基础，我国现在已全面实现了排污申报登记制度。《环境保护法》第27条规定：“排放污染物的企业事业单位，必须依照国务院环境保护行政主管部门的规定申报登记。”现有的制度可以充分利用。排污指标登记要求所有持有排污指标的单位和个人，就其持有的指标数量、种类等情况进行登记，登记机构按行政区域或者总量控制区域设置，有必要时，还要设置全国性的登记机构。排污指标交易登记是要求交易双方当事人就排污指标交易情况进行登记，交易双方都应在环保局指定的系统内建立一个账户，所有的交易活动都要通过账户进行。

       按照总量控制计划的设计，每个计划年度，所有的排污指标持有者都应提交一份年度报告，详细、准确地报告其排污指标的变化情况。例如哪些指标已用于填补排污数额，哪些指标已用于交易，哪些指标储存起来留待将来之用，哪些指标是新增的。

       加强环境监测网络建设。环境容量交易的前提是产权明晰，而环境容量的界定离不开环境监测。要从产权交易的角度出发要求环境监测在方法、技术、手段、规范、标准上与之相配套，制定一系列的制度，为产权交易提供公正、科学的数据。加大环境监测工作，采用先进监测技术，发展自动监测系统，精确计算企业所用环境容量的量以及企业通过治理污染盈余的量，从而为环境容量的交易提供条件。

       为了全面、及时地了解排放权的持有、交易等情况，政府有必要建立统一的账户管理系统和信息系统，信息系统不但为政府服务，也为私人机构服务。