配额管理是碳排放权交易体系的核心之一。这是碳交易与大宗商品和金融产品交易系统的最大区别。与玉米、大豆等大宗商品相比，配额没有物理载体，只是一种虚拟的信息数据；与股票、期货等金融产品相比，碳排放配额是由政府创设而产生，其财产性权利来源于行政许可。碳排放配额的这种特殊属性决定了对其监管应当更加严格和规范。一方面，额度的分配应遵循公平、公开、科学、合理的原则，必须明确分配的标准、方式与程序，初始分配的结果应当公开，征求碳排放管控单位的意见，接受社会监督。另一方面，应当对配额实施全流程监管，配额的生成、分配、储备、登记、转移、履约提交和注销，都应该有具体的程序性规定，防范制度漏洞，减少、杜绝额度分配过程中权力寻租的可能性。
