覆盖行业和控排企业的选择以及配额分配方案的设计，成为全国统一碳市建设的焦点和难点。

       碳交易的初衷是为了减排，如何低成本减排，且合理分摊减排责任，兼顾效率与公平是现阶段探索和研究的关键性问题。

       考虑我国经济结构和产业发展的区域性差异，国家在确定覆盖行业和控排企业的过程中，可以给地方留有一定的空间，或保持一定的灵活度，让现行试点的控排企业有一个合理的过渡。

       唐人虎表示，地方也可根据自身的实际条件和政策取向，考虑是否需要纳入额外的行业或企业。

       “以清华为例，作为北京的控排企业，我们已经有专门的部门——绿色校园办公室来负责此项工作，今年，购买了大约1万-2万吨配额，完成了履约，也提出了减排措施以应对今后的履约工作。”张希良对21世纪经济报道记者表示，如果全国碳市统一后，有些问题还待解，如清华大学这类非工业排放大户还是不是控排企业，还要不要参与碳交易，减排工作还要不要继续。

       在配额分配的方式和方法上，7个试点也做了多样化的尝试，其中历史法应用较广，但存在已释放减排空间的先进企业反而得到更少的配额，且无法覆盖新增产能的问题；

       基准法的使用可以补足历史法的劣势，但尺度的把握还存在难度和复杂性，应用方面还局限于电力和供暖行业；拍卖法的尝试仅限于广东和湖北两个试点，被认为是成本效率最高的方式，但初期会加重企业负担，降低国际竞争优势。

       每一种方式和方法都有它的利弊，综合行业特点、区域差异、技术水平、淘汰落后产能等因素，混合式选用也不失为一种优化方案。

       一位业内人士认为，灵活性在配额的分配过程中也是非常重要的。比如，重庆碳市在采用历史分配法时，为避免“鞭打快牛”，在历史排放量选取上做了灵活调整，设定为2008-2012年之间的最高年排放水平。