碳排放配额分配是碳交易制度设计中与企业关系最密切的环节。碳市场建立以后，由于配额的稀缺性将形成市场价格，因此配额分配实质上是财产权利的分配，配额分配方式决定了企业参与碳市场的成本。配额分配的类型可以分为免费分配和有偿分配两类。免费分配即配额以无偿的方式分给企业，常用的免费分配方法包括祖父法和基准分配法，前者根据历史排放发放配额（因此也被称为“历史法”），历史法经常会出现的问题是“鼓励落后”，即过去在减排控排做的并不好的企业由于其历史排放高而得到了更多的配额，后者根据一定的基准发放配额，这种分配方式可以做到“鼓励先进”，但对于基准的设计和数据基础的科学性和准确性要求很高。配额的有偿分配分为拍卖和固定价格出售两种，前者由购买者竞标决定配额价格，后者由出售者决定配额价格。